Immunologia śluzówkowa to badanie odpowiedzi immunologicznych zachodzących na powierzchniach śluzówki, takich jak jelita, układ moczowo-płciowy i płuca.  Błony śluzowe ludzkiego organizmu stanowią miejsce kontaktu ze środowiskiem zewnętrznym, dlatego też są szczególnie narażone na wpływ negatywnych czynników zewnętrznych, w tym drobnoustrojów chorobotwórczych, toksyn, alergenów. Ich ciągłość i prawidłowa funkcja zapewniają pierwszą barierę odporności,  chroniącą wrażliwe środowisko wewnętrzne przed patogenami otoczenia.