Do rozwoju SIBO przyczyniać się mogą zaburzenia perystaltyki jelit (zaparcia), stan zapalny jelit, celiakia (jeśli nie wprowadzono odpowiedniej diety), nietolerancje pokarmowe, alergie pokarmowe, zaburzenia funkcjonowania układu odpornościowego, nieprawidłowa obróbka żywności (niewystarczająca higiena posiłków, niedogotowane potrawy, spożywanie produktów zepsutych), nieprawidłowa higiena (nieumycie rąk przed posiłkiem, po skorzystaniu z toalety), zabiegi chirurgiczne, pobyty w szpitalu (kontakt z patogennymi bakteriami), nieprawidłowości anatomiczne, zapalenie trzustki, niedobór żółci.