Mikrobiologia kału jest wiarygodnym, miarodajnym i nieinwazyjnym badaniem flory jelitowej organizmu. Obejmuje pełną analizę bakterii (korzystna, niekorzystna oraz chorobotwórcza flora bakteryjna), a także grzybów (mykologia fizjologiczna i patogenna). Badanie wykrywa również bakterie Clostridium. Dodatkowo do wyniku badania dołączony jest antybiogram (test lekooporności).

Analiza mikrobiologiczna kału jest wskazana dla osób z:

problemami jelitowymi (biegunka, zaparcie, ból brzucha, wzdęcia),
syndromem jelita nadwrażliwego,
podejrzeniem grzybicy jelit,
nadwrażliwością pokarmową alergiczną i niealergiczną,
chorobami autoimmunologicznymi,
syndromem przepuszczalnego jelita,
bólem stawów,
chorobą atopową skóry,
trądzikiem,
niedoborami żywieniowymi.
Obecnie uważa się, że flora jelitowa ma wpływ na rozwój chorób neurologicznych, stawów czy problemów skórnych, a także zwiąże się z utrzymaniem odporności organizmu. Zachowanie równowagi mikroflory jelitowej jest jedną z determinant zachowania dobrego zdrowia i samopoczucia.

Dodatkow, aby pomóc w identyfikacji i różnicowaniu gatunków Clostridium, wyspecjalizowano badania w kierunku beztlenowych kultur, zoptymalizowane pod kątem Clostridium wykrywa prawie 40 pożytecznych i patogennych gatunków, w tym C. botulinum, C. tetani i C. perfringens, a także C. difficile, która jest często obecna u zdrowych osób, ale może być związane z biegunką poantybiotykową.